За организирање на активностите на Наставно-научниот колегиуми на студиските програми на втор циклус студии и подготвување на конкретни предлози и мислења кои ќе бидат доставени до Наставно-научниот совет, се формира Совет за втор циклус на студии.

Советот го сочинуваат по еден претставник од секој Наставно – научен колегиум на студиските програми на втор циклус студии и продеканот за настава по службена должност.

Советот за втор циклус студии, во рамките на својата надлежност, ги извршува следниве работи:

• му предлага на Наставно-научниот совет услови и критериуми за запишување студенти на втор циклус студии и за селекција на кандидатите;
• доставува предлог до Наставно-научниот совет за условите за запи-шувањена кандидатите кои имаат завршено студиски програми на други факултети;
• се грижи за реализација на постапката за пријавување и селекција на кандидатите во согласност со условите од Конкурсот;
• поднесува до Наставно – научниот совет Извештај за бројот на запишани студенти по студиски програми;
• ја подготвува и спроведува постапката за пријава, одбрана и оценка на магистерскиот труд;
• ги подготвува точките од дневниот ред на седниците на Наставано- научниот совет кои се однесуваат на постапката за пријавување, оценка и одбрана на магистерските трудови;
• дава мислење за пријава за изработка на магистерски труд;
• на Наставно – научниот совет му предлага наслови на темите на магистерските трудови;
• на Наставно – научниот совет му предлага ментори на кандидатите;
• на Наставно – научниот совет му предлага комисии за оценка и одбрана на магистерските трудови;
• утврдува еквиваленција на положените испити според старите и новите студиски програми и ја доставува до деканот заради донесување решение;
• ги разгледува предметните програми на студиските програми од вториот циклус на студии;
• ги разгледува и дава мислење на предлозите за иновирање на студиските програми од вториот циклус на студии; 
• до Наставно – научниот совет доставува предлози за основање нови студиски програми од вториот циклус на студии;
• ги разгледува и дава мислење за елаборатите за студиските програми од вториот циклус на студии.